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领导决策层，是以马鹿为首，包含五影和铁之国三船大将各国影级人物。
最高统帅：克组织首领马鹿
副统帅：四代雷影艾
总参谋：五代火影纲手
参谋：木叶村上忍奈良鹿久、云隐村女上忍麻布依
联军总队长（统领忍者联军的特别部队和作战部队）：五代风影我爱罗
总指挥部设置在火之国木叶村的火影阁
特别部队包含：感知部队、情报部队、侦查小队、医疗后勤部队、大名护卫队和奇袭部队。
各队具体职责和人事任免如下：
感知部队：以克青为队长，负责感知敌人方位。
情报部队：以木叶村山中亥一为队长，负责接收、传送情报。
侦察小队：以木叶村御手洗红豆为队长，负责侦查前沿阵地敌军情况变动。
医疗后勤部队：以木叶村静音为队长，负责救助伤员和后勤保障。
大名护卫队：以五代水影照美冥为队长，负责保护大名，防止以晓组织为首的敌军绑架大名而对忍者联军进行要挟。
奇袭部队：以克砂隐村勘九郎为队长，对敌人进行试探和偷袭。