兵部设主事四人，令史三十人，书令史六十人，制书令史十三人，兵部甲库令史十二人，亭长八人，掌固十二人。
职方设主事二人，令史四人，书令史九人，掌固四人；
驾部设主事二人，令史十人，书令史二十四人，掌固四人；
库部设主事二人令史七人，书令史十五人，掌固四人。
原司空罗际，进封工部尚书，位同正三品，赐珊瑚顶戴，就孔雀服。掌管各项工程、水利、交通、山泽、屯田、工匠、诸司公廨纸笔墨之事等。
下设四属：一曰工部，二曰屯田，三曰虞部，四曰水部。设侍郎二人，位正四品，工部设主事三人，令史十二人，书令史二十一人，计史一人，亭长六人，掌固八人；
屯田设主事二人，令史七人，书令史十二人，计史一人，掌固四人；
虞部设主事二人，令史四人，书令史九人，掌固四人；
水部设主事二人，令史四人，书令史九人，掌固四人。
原大鸿胪寺卿梁启，进封礼部尚书，位同正三品，赐珊瑚顶戴，就孔雀服。掌国之教育事务及藩属和外国之往来事。
下设四司，一曰仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事，设侍郎二人，主事三人，令史十二人，书令史二十一人，计史一人，亭长六人，掌固八人；
祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务，设令史四人，书令史九人，掌固四人；
主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务，设令史七人，书令史十二人，计史一人，掌固四人；
精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务，设令史四人，书令史九人，掌固四人。
四司之外，清设有铸印局，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四译馆，掌接待各藩属、外国贡使及翻译等事。
原太傅管钟进封吏部尚书，位同正三品，赐珊瑚顶戴，就孔雀服。掌官吏任免、考课、升降、调动之责。下设侍郎二人，位正四品；郎中二人，为正五品；员外郎二人，为从六品。