仁寿二年(602)，调杨秀回京师，皇上见了他，不与他说话。
次日，派人责问他。
杨秀谢罪说：“我承受国恩，出京当藩王，不能遵守法令，真是罪该万死。”皇太子杨广和诸王都在朝廷上流泪，代杨秀谢罪。
皇上说：“往日秦王浪费财物，我用父道教训他。
现在杨秀祸害百姓，我要用君道处罚他。”于是把他交给司法部门。
开府庆整进谏说：“庶民杨勇已被废黜，秦王已经去世了。
陛下的儿子不多了，何必弄到这个地步？蜀王生性耿直，如今他被重责，恐怕他会自杀。”皇上大怒，要割他的舌头。
因此对群臣说：“要把杨秀杀死在大街上，以向百姓道歉。”于是下令杨素、苏威、牛弘、柳述、赵绰等人给他治罪。
太子杨广偷偷地作了木偶人，写上皇上和汉王的姓名，捆上手，用钉钉在心上，然后让人埋在华山之下，再让杨素装模作样挖出来。
杨广又以杨秀的口气作檄文，说：“逆臣贼子，专门玩弄权柄，陛下表面上当皇帝，其实什么都不知道。”然后陈述兵甲如何强大，说是要“指期问罪”。
杨广把这篇“檄文”放在杨秀的文集之中，然后上告高祖。
高祖说：“天下难道有这样的事吗？”于是把杨秀废为庶民，软禁在内侍省，不得与妻子儿女相见，下令只给他两个獠婢，供他驱使。
受牵连的有一百多人。
杨秀既被囚禁，愤懑不已，不知做什么才好，于是上表说：“我因为幸运，成为皇上的儿子，承蒙父母抚养长大，九岁就得到了荣华富贵，只知富贵享乐，从未忧惧过。
我轻易地放纵我这颗愚笨的心，落到这个地步，我辜负父皇山岳一样高的大恩，心甘情愿地去死。
不料天恩还可让我有余漏，到如今这地步，我才知道愚心不可放纵，国法不可触犯，我扪心问罪，真是来不及改过自新。
我还想分身有术，竭尽余生，稍稍报答一下父母的养育之恩。
但因神灵不保佑，我的福分爵禄完了，夫妻团聚，不可能了。