九月，顺治从盛京迁都京师。满清男女老幼一二十万人随行，浩浩荡荡南来。
十月一日，顺治在天坛祭天，并于紫禁城皇极门举行登基大典。再次即皇帝位，宣布“兹定鼎燕京，以绥中国”。
此举并未给南京忙于内斗的君臣造成太大的震动，什么东林党、阉党、无党人士还在忙着内斗。
十月中。马士英排除了重重阻挠，阮大铖终于被授予兵部右侍郎的官职。
职方司郎中尹民兴奏：“崔、魏之潜移国祚，何殊逆闯之流毒京华？在此不殊，在彼为用。则凡不忠不孝者。皆得连苞引孽，移乱天子之庭，是育蛇虺于室中。而乳豺狼于春囿.......”
新任左都御使刘宗周奏：“阮大铖进退，关系江左兴衰。”
弘光下旨叱责反对之人：“是否确论，年来国家破坏，是谁所致？而责一大铖也！”
弘光帝将国家破坏的责任直推东林头上，可谓是一石激起千层浪，东林党人一时沸沸扬扬。但这回，没有那么简单，再不是耍嘴皮子那么轻松了。
很快，左都御使刘宗周罢；
大学士姜日广罢；
革巡按御吏黄澍职。
吏部尚书徐石麟罢。
十月，起解学龙为刑部尚书；
起逆案杨维垣为通政司通政。
以张捷为吏部尚书。
大学士高弘图罢。
一系列令人眼花缭乱的人事变动，低下包含着多少阴谋诡计无须多言，刚刚成立的南京小朝廷，就象一只在八级台风中挣扎的破船，让人看了都觉得心中阵阵透凉。
但阮大铖的目标绝不仅仅是这样，他要的是将东林党一扫而光，他被打压太久了，受的屈辱太多了，一朝得志，他不想放过任何一个当初污辱自己的人，他要报复，要进行彻底的清算，而且一万年太久，只争朝夕。