接着，他才喘了一口气，匆匆补充了一些干粮盘缠之后，甚至连午饭都没吃，就又一次开始带队长跑，继续向西一路狂奔，据说要一直跑到京都才罢休！
而看到总帅大人一溜烟跑了个干净，底下被抛弃的七万官军顿时一片大哗，再也没有“忠君报国的心思。原本打算就此散伙回家，谁知却爆发了大瘟疫，短短的六七天里，七万西军就有近万人遭瘟病倒，并且新的娄者还在以几何级数迅速递增……鼻后为了求得西洋医药的治疗，这些人只得向菲里倒戈投诚。
至此，东军仅仅放了一排火箭弹，没有损失一兵一卒，便解了冈崎之围，并且收服了数万兵马，尽管这支瘟疫蔓延的军队实在是百无一用—— 按照菲里在日记里的说法“……这样的病汉大军，活着污染空气，死了污染土地半死不活的污染其他人。收编他们用在战场上根本就是自己找罪受，而且还走到哪里就把瘟疫带到哪里，偏偏又堵在了继续向西进军的道路上，没办法置之不理……”
旧京畿攻略富士见合战之后，京都朝廷的三路大军已经败亡了两路，而东军还在沿着东海道向京都推进，从巅峰跌至谷底的仁孝天皇一时间大为惊恐，下令召回萨摩藩的两万北路军，让岛津怒志藩主回来保卫京都。
此时，岛津怒志刚刚在越前国敦贺港击败了会津藩的5000军队，打开了攻入北陆的通道但眼看着后路不稳，也只得掉头回师，返回京畿战场，并且在12月初抵达大陵前线，对城内的旧幕府军展开猛攻。
——按照岛津怒志的设想，单凭他的一支孤军根本无法应付两个方向的敌人。必须抓紧时间，在关东来敌和大陵残军会合之前，设法解决其中的一路，然后才有可能继续周旋下去。
结果在激烈的攻防之中，指挥大陵城防御战的旧幕府首席老中三井银鼻不幸被手榴弹炸死。守军一时间陷入混乱，连续丢失了多处城防要地。幸亏巨熊军团走海路及时赶到，总算是没有让这座港口丢失。
看到大俊城得到了外援，岛津怒志也只得率军暂时后退，继续与大陵城内的守军对峙。但接下来的几天里，萨摩军的辐射病终于发作，上至藩主岛津怒志，下至苦力和小厮，凡是走过那扇伪劣传送门的家伙，全都浑身流脓，极其痛苦地死于非命——京都朝廷的最后一支野战兵力，至此毁灭殆尽。
两万萨摩军在大陵城下的自行毁灭，也意味着京都朝廷方面那个气势恢宏的三路东征计划…，就此宣告了彻底破产。从北到南号称四十万人，实际总数也超过十万人的三路兵马，在短短一个月的时间内，便已经尽数覆灭。对于新近起兵，掌权不足半年的京都朝廷而言，简直就像是被打断了脊粱骨一般。
到了这个地步，仁孝天皇发现京都已经是外无救兵，内无军械粮草，更没有拿得出手的将才，连龙巫教援助的西洋军械，也都被公卿们拿去盗卖了。除了一堆不能吃不能用的金银财宝，外加区区4000连刀枪都配不齐的杂牌兵马，几乎是什么能用来打仗的本钱都没有。
垂死挣扎之下，仁孝天皇把最后的希望，寄托在了一位刚刚带着300
亲信勇士来到京都附近的虾夷“义军”首领北条氏彦身上，给他封了个京都守护的职位，希望北条氏彦能够带领300私兵外加朝廷拨付的2000老弱兵马，前去驻守京都郊外的要塞伏见城，为朝廷争取一段向外藩求援的时间。
但问题是，公卿们既不识时务，又严重脑瘫，似乎是打着临死捞一票的主意，非但不肯给北条氏彦拨付军械和军粮，竟然还反过来对这位“乱世忠臣”勒索大笔贿略——这种一边要人卖命还一边刮人油水的荒诞行径当即就让北条氏彦气得大骂：“连军饷都不见一文，谁来给你卖命啊！”什么效忠天皇的心思都熄了个干净。
12月11日黄昏，已经接手帝国远东军全权的菲里，率领虹30000士兵进抵伏见城下，次日清晨，北条氏彦便绑了监军“长跑能手”藤原梅竹，率领全部人马向东军倒戈，伏见城至此不战而下。
17仁孝天皇之死随着伏见城的倒戈，京都城内仅剩下长州藩的2000奇兵队，再也没有了抵抗的能力。
12月13日仁孝天皇终于下定决心，让奇兵队总长绯月宗一郎搜罗车辆插重，护送皇室与公卿世家出京避难，计划沿着山阴道向西挺进，去长州藩暂立行宫，以图再战。
但此时的禀都朝廷，已经人心离散到了一个可悲的程度。
天皇即将离京出奔的消息刚刚传出，京都贫比就立即发生了暴乱，而最后的2000奇兵队也纷纷倒戈，打算趁着天皇还没走的机会把京中贵人的宫殿宅邸都洗劫一空，省得便宜了城外的西军……在一片混乱之中，仁孝天皇带着几百人仓促逃出了京都。
而继续纵火打劫的暴民，却阴差阳错地闯进了阴阳寮，触动了阴阳师（东瀛列岛特有的魔法师变种，擅长召唤术）在官署内设置的机关，解除了〖镇〗压历代鬼怪的大封印，导致了一场骇人听闻的妖物大暴走。
最后，京都在一场大乱之后变成了鬼城，满街都是阴森可怖的鬼怪在游荡。菲里和三井龙姬苦思良久也毫无对策只得把这座城市送给深渊三大恶魔之一，乌黯主君格拉兹特，让他把整座城市都拉进深渊里。
从12月下旬开始，原本还支持京都朝廷的西国各藩，也相继易帜，宣布效忠东军。当逃出京都的仁孝天皇，还在“西狩”途中颠沛流离的时候，属于他的天下已经又一次缩水了大半，而更糟糕的是，就连他逃亡的最终目标，最先起义的长州藩，也已经倒戈易帜了。