朱棣当然同意朱高煦所请，正式下令将墨巧司从兵仗局抽离，由他本人与太子朱高煦直管。
不久，朱棣再下禁令曰：“凡司内工匠，敢有外泄本司机巧之术者，罪同叛国，满门抄斩，株连三族！”
于是，除非永乐皇帝朱棣或太子朱高煦召见，否则墨巧司的任何人不得离开本司大院。
而且，除了朱棣、朱高煦二人之外，任何人若想进入墨巧司皆需要持朱棣或朱高煦当日手令、以及其本人的身份令牌，在门口禁卫室登记来访缘由及记录在册后，方能入内。
若是有人奉朱棣或朱高煦之命进入禁院办事，此人离开之前，还必须经过一番严格的检查，如脱光衣服，检查七窍与全身皮肤、指甲等部位后，确定没有私藏东西或刻写技术方可离开。
就这样，日后被史书记载为大明最神秘的机构墨巧司，开始进入普通人的视野。
墨巧司大院由前院、后院、禁院三个大的区域组成。
其中前院是中高阶工匠及其家眷的居住之所，根据工匠品级划分为若干个区域，面积与后院相差不大。
那些拥有品级的中高阶工匠的父母妻儿，皆会被朝廷派人接入墨巧司前院，朝廷会定时送粮油米面及蔬菜瓜果，满足众工匠家眷的日常所需。
此外，朝廷会每隔三日，派遣一批医官，来给有需要的工匠及其家眷问诊。
毕竟，在禁院做工的工匠，所从事的工作内容十分特殊，难免会因为这样或那样的原因受伤。
虽然这些中高阶工匠可以经常见到家眷，但他们必须遵守禁令，不得向家人透露研究室内的一点儿内容。
尽管并没有密探十二个时辰监听众工匠及其家眷，可是他们的人身自由被限制在了墨巧司大院之中，想要往外传递消息是不可能的。
更何况，他们认真做好本职工作，家人也能跟着吃穿不愁，没必要向外泄漏消息。
后院是低阶工匠的居住之所，其面积与前院接近，都可以容纳近千人在其中生活。
由于低阶工匠没有携带家眷的资格，为了可以搬到前院居住，后院的低阶工匠会努力学习，提高自身技艺。
朱高煦如此安排，乃是为了刺激工匠们努力做事，争取有所成就。
至于禁院，地如其名，乃是一处禁地，里面工匠们所研发的无一不是绝密的机巧之术。
禁院根据研发方向不同，从前往后依次划分出了二十个独立的小区域作为研究室，研究室的面积也是从前往后，越来越大。