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古代由于造船技术的局限，所以建造出来的船只存在很多的问题。
风帆时代早期的帆船有个缺点，就是船的屁股太大，一般都将船艉楼建成三四层以上，高的甚至达到七层。而且都在船艉楼上安置沉重的橡木装饰雕像，使得船只在战斗时显得行动迟缓“尾大不掉”，处于一种十分危险的境地。在急转弯的时候，也极易倾覆。虽然这些装饰是真正的艺术品，但是用在战船上，却是华而不实。
三号船的船艉楼被烧的面目全非，周天翼除了对三号船进行修复外，还要对其进行了改造。
他首先去掉了三号船上所有的橡木雕像等乱七八糟的装饰用品，然后他除了修复下甲板的船艉楼外，只在主甲板上建造了一层船艉楼，并在船艉楼分隔出船长室、研发室、情报室等一些必要的独立舱室。
海盗界有一个不成文的规定，就是海盗船上不允许带女人。
船上不允许带女人当然和古代人比较迷信有关，古代人认为女人上海船不祥；另外，就是海盗船要在海上待很长时间，如果船上有女人的话，很可能会让兄弟都反目成为仇人，所以海盗船上不允许带女人。
周天翼当然知道海盗界的这个说法。
为了不使女性孤儿影响海盗们的日常生活和训练，他将三号船上其他的独立舱室都分配给了这些女性孤儿军和日后准备继续招收的女性孤儿作为宿舍。
这样将男女分开管理就不会出现男女问题了，至于带女人上海船不祥的迷信说法在他这里根本不存在。
周天翼的做法得到了女童子军们的忠心拥戴和感激。
除了修复三号船外，周天翼还给三号船增加了支索帆、艏三角帆、顶帆等这些当世帆船还没有的设施，并将后桅传统的斜桁三角帆换成四边形的后桅纵帆，又在下方加装了驶风杆。
经过他的改造后，使得三号船的速度远远快于其他战船，在操控性方面得到了大大的改进。
古代人对于颜色的理解还比较肤浅，所以不管是军服还是军舰的颜色都非常鲜艳。
现代军舰的颜色几乎清一色的都是灰色，就因为灰色是在海上与环境可以达到融合的最佳隐蔽色。所以，周天翼也将三号船原来颜色艳丽的船身色彩改成了灰色，再加上他对三号船很多地方都进行了改造，使得现在即使是原来熟识三号船的人也再认不出它来了。
在停靠的这段时间里，新招揽到的技术人员团队整天忙得团团转。
周天翼按照这些技术人员的专业给他们分配了各自的任务，铺设甲板的、缝制帆布的、安装索具的、加工石质霹雳弹的、铸造铁制霹雳弹体的、制造霹雳炮各部零件的……
周天翼自己则躲起来，将上次战斗消耗的霹雳弹补齐，以便应对日后复杂的形势。