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但这并不影响朱由校继续重用知根知底的太监。
近卫军的缔造者卢九德就被他任命为新的东北总督，掌有北山、安东、辽东、察哈尔、科尔沁这五个布政司的军政大权。
为什么要将东北总督的管辖范围设这么大？
因为这些地方除辽东开发程度较高以外，皆是未大规模开发和建设的蛮荒之地。
虽然管辖范围这么大，但所管的人口还不及一个河南总督所管的人口多。
不过，这也不是说东北这些地方不重要。
对于朱由校而言，这些地方至少在将来是很重要的，所以他不会抛弃不要，甚至一直在不遗余力地对这些地方的原始住民进行汉化、建立实际统治体系。
他之所以让卢九德转为外朝任总督，就是因为卢九德是内宦，没有子嗣亲族，让其当东北王，不会成为割据政权。
现在朱由校已将整个大明的行政制度进行了新的改革。
以前的大明，总督、巡抚并没有完全固定为地方最高官职，而是作为中央派遣到地方的临时官。
朱元璋设定地方行政权力时，只注意到了分权，将一省分为布政司、按察司、都指挥司三个权力机构，分别负责民政、司法刑狱和监察、军事三项大权。
可朱元璋没有注意到一旦地方发生民乱、天灾这样的大事，没有一个统筹所有事务的大员是会造成很多事务无法妥善处理，甚至只会出现互相推诿而耽误平息民变和灾害的事情。
所以，后来的中央朝廷才不得不派遣巡抚、总督以及提督、最后还有经略、督师这些来统筹一省或数省的军政大事。
而渐渐的，因为有些地方的民变和灾害不断，如江西南赣这些地方，就土匪不断，还有就是边镇外患不断，一些总督巡抚也就由临时派遣渐渐变成了常驻，甚至到现在已经有了巡抚为辅、总督为主的趋势。
朱由校也就顺应这种潮流，正式下旨明确总督、巡抚、提督职权，撤设经略、督师、总理这些临时派遣职务，将全国划分为两京二十三省，即在原来的两京十三布政司的基础上增加了十个，布政司改称为行省。
巡抚统筹日常民政和司法刑狱、监察等事，巡防营因类似后世的公安，所以也归巡抚辖制。
而总督则作为地方一省或数省之军政首脑，负责决策。
朱由校还因此要求没有建造督抚衙门的地方各省立即申请拨款建造督抚衙门。