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白莲教真正的改变，是在元朝的时候。元朝初期，对于白莲教并不禁止。因为并不妨碍。但却有人借着白莲教的名头招摇撞骗，甚至是造反。
元朝皇帝一看，干脆就下令，禁止白莲教。
这样一来，自然招来了白莲教的反抗。
更何况，元朝中后期，上层统治者十分残暴，老百姓苦不堪言。越来越多的人开始认同白莲教造反的理念，许多人都愿意加入他们。
这就有了前面讲到的，韩山童、刘福通的起义。
可以说，元朝末期的农民起义，就是白莲教发起的，红巾军起义就是它的杰作，白莲教巨头“布袋和尚彭莹玉”的形象甚至影响了后来传世的弥勒佛形象。
白莲教在元朝末期逐渐融合了弥勒教和摩尼教的信仰，将“弥勒转世，明王降生”的说法传播至下层社会。
朱元璋作为明朝的开创者，在起义的初期，曾经是小明王”韩林儿的下属。
而韩林儿的父亲，就是韩山童。
由此可见，朱元璋的起义和白莲教其实脱不了关系。
但就算如此，朱元璋坐上了皇位之后，还是下令严禁白莲教。而且，朱元璋使用手段的严厉，丝毫不逊色于其他的帝王。
这并不是朱元璋冷酷无情。
而是屁股决定脑袋，朱元璋现在是皇帝，对于造反，有着天然的恐惧。
所以自然要打压白莲教。
可白莲教并没有因为朱元璋的镇压而消失。虽然他们吸收了不同的教派，使用了其他的名字。但他们仍是白莲教。
明成祖朱棣时期山东白莲教在唐赛儿的领导下发动起义，朱棣因为没有找到唐赛儿的尸首悍然屠杀了全国所有年龄和唐赛儿相近的尼姑、道姑，一手制造了中国历史上规模最大的株连案。
甚至明朝都忘了，到了清朝，白莲教都没有消失。
而且，在他们的口号中，还加上了一句“反清复明”。
由此可见白莲教真的很恐怖。