击败嘘界后，集终于将葬仪社同伴都找了回来，同时集也将众人收集到的消息汇总，解开了一直以来萦绕在动画中的谜团。众人为了救出楪祈，阻止涯的阴谋，向GHQ的基地进发。
于此同时，西方各国部队在正面战场因心思各异，渐渐无法压制龙国突围势头，于是决定派遣舰队轰炸东瀛，施加压力，拉扯战线空间。然而这些各国引以为傲的海上舰队，面对涯融合神识等人虚空射出的惊世一箭，80%以上舰体沉默，不过西方各国的大规模入侵，却给了众人机会，出其不意地来到中央控制室。但可惜，集来晚了一步，楪祈已经被真名占据了身体。
原本的真名也好，病毒体真名也好，不论她们对集抱有何种目的，但感情却是真挚的。失落的圣诞这场浩劫，说是由集引起的也不为过，所以对姐最强武器其实是感化。
交战中，涯向集坦白一切，原来这一切都是神识有意为之，为了人类的破灭与进化，现在神识依旧监视这里，套在涯身上的枷锁一直存在，除非神识死掉，不然第四次默示录病毒必然会爆发。
所以现在面临的是两个问题。第一，樱满真名；第二，神识Daath。
楪祈的身体里沉睡着三个人格。表人格是egoist的歌手楪祈，里人格是继承了真名感情的病毒楪祈，沉睡着不愿醒来的是集的姐姐，樱满真名的人格。真名受到病毒影响，对集的感情超乎想象，甚至变得病态；病毒楪祈将集选为亚当，将他当做唯一一个配得上自己的王；楪祈从集的身上感受到自己作为人的一面，全部感情都寄托在集身上。
可见，三个人格的心上人都是集，而动画的结局也只跟樱满集的选择有关。
罪恶王冠走向HE的决定性要素有两个。
首先，樱满黑周研究虚空基因组目的何在，这是决定性的一环。黑周目睹妻子身亡，尝受到无尽痛苦，然而他从daath口中得知，自己还未出生的儿子，竟然被寄生在女儿身上的病毒选为下一任的亚当，亲姐弟之间结合破坏了伦理纲常，这种痛苦不亚于丧妻之痛。所以他为了控制天启病毒，拯救儿子，潜心研发虚空基因组，天启病毒疫苗就是建立在虚空基因组之上研发出来的副产物。
从游戏里看，斯库路基死后留下的右手，是促成基因组完成的奠基石。而斯库路基本人除了抽取卡洛尔的虚空外，无论抽取谁的虚空，结局都是晶体化，所以在他右手中遗留的基因并不正确。在黑周设想中，王的能力应该是完全抽取天启病毒，同时对使用者本身无害。继承了黑周遗愿的春夏自然注意到这点，所以在王明笔下，春夏对虚空基因组进行了重新设定。
最后，樱满集为什么要叫红眼睛的病毒体真名为怪物，这是破局的关键。在原版动画中，幼年时期的樱满集是出于害怕的心理，将真名唤作怪物。长大以后，因天启病毒加诸在身的不幸，又因病毒体真名对楪祈的践踏，才吼出这一声怪物。如同发泄，他没考虑太多，因为集在这时已经决定胜利后，奉献自己吸取天下所有天启病毒，用自己的生命终结这乱世。
但这里其实是一个转折点。楪祈重要，姐姐也一样。回想起过去记忆的樱满集如果不带着毁灭一切的想法，而是试着去接纳姐姐，那么结果会是什么样呢？所以这里是世界线变动之三。
明白这两点以后，动画结局就有了可操作空间。
集嘴炮策反了涯，两人准备握手言和。然而看戏的daath突然出现，出其不意地抽取了病毒体真名的虚空，准备强制执行第四次默示录。
一番苦战，最终集利用涯创造出来的机会，将全世界病毒注入到daath体内，他的身体逐渐晶化，最终化为结晶消散一空。而以虚空基因为纽带复活的涯，在体内病毒消失后，身体开始崩解。
樱满集想对慢慢消散的姐姐说声对不起，然而真名却捂住集的嘴，最后在一个不舍的吻中，说了句“傻瓜”，倒在樱满集怀里。
动画的最后，是一个粉头发少妇，她前面有个小女孩在跑。小女孩边跑边笑着说：“妈妈快来追我”。
在小女孩身后的少妇同样笑着，追赶着小女孩，担忧地喊道：“奈美，慢点跑。”
在ED《告白》最后，是一张三个人的全家福，左边是失去了右手安装义肢的樱满集，右边是挺着大肚子一脸笑容的楪祈，中间站着的，是最后露脸的小女孩，她将耳朵放在妈妈独自上，好像在和肚子里的弟弟合影一样。